1、兩者在植物分類學上的地位不同.
萱草隸屬于百合科萱草屬(Hemerocallis),全世界約有14種,我國11種,都是非常美麗的觀賞植物,其中最著名的代表是用作蔬菜的黃花菜(H.citrina).園藝上常見的品種有大花萱草(H.middendorffii),萱草(H.fuava)等.
鳶尾是鳶尾科鳶尾屬(Iris)植物,是一個比萱草屬大得多的屬,有300多個成員,我國有40種左右,也都是漂亮的觀賞花卉.著名的觀賞品種有鳶尾(I.tectorum),德國鳶尾(I.germanic),蝴蝶花(I.japonica),黃菖蒲(I.pseudacorus)等。
2、兩者生活的環境不同.
萱草是更適應干旱環境的植物,一般種植在向陽草叢中,萱草一般用作花壇地被或花鏡。
鳶尾是一種濕生植物,已經適應了潮濕的環境,如長期種植在干旱的土壤上會長勢不良甚至死亡,鳶尾主要在水景中發揮作用。
3、外部形態上的區別.
從花上看,雖然兩者都由六枚花被構成,但萱草的六枚花被幾乎是一樣大小的,與百合相像;而鳶尾是外面的三枚大而下垂,里面的三枚小,遠看像一只翩翩起舞的蝴蝶,故有蝴蝶花的美名.再來看葉,萱草的葉片呈長條形,中間微凹,有明顯的中脈,叢生;而鳶尾的葉片比萱草略寬,整體像一把寶劍,沒有明顯的中脈,新長出來的葉片基部包裹在老葉的葉鞘內.最后看果,萱草的果實一般呈圓形,比較小,而鳶尾的果實呈橢圓形,往往比較大。